现有4个基本陈列。二楼右翼为《云南古代青铜器陈列》，展示云南青铜时代（从商代末期至西汉末期）出土的各类青铜文物。该陈列中还复原了楚雄万家坝1号墓发掘状况、放大制作了一批青铜器复制品。该陈列可以说是精品满堂，并且反映了云南青铜时代概貌。二楼左翼展厅是《云南古代佛教艺术陈列》。该陈列以南诏国和大理国时期出土佛教艺术品为主，下迄元明清三代佛教文物。《云南古代佛教艺术陈列》中，相当数量的展品出自崇圣寺塔中，这批展品从内容上分有各种佛教造像、塔模、法器、单本佛教经、咒。从质地上分有金、银、铜、铁、瓷、陶、水晶、玛瑙、玉、石、木、棉、纸、绢等。 
　 《云南古代佛教艺术陈列》的另外一个特点是在展厅内复制了几项不可移动的重要文物 ---- 大理三塔、剑川石钟山石窟之一窟，以及现存台湾故宫博物馆的大理国时期绘画作品《张胜温梵画卷》的局部临摹放大图。整个陈列中展示各类文物300余件，展厅布置金碧辉煌、充满浓郁的佛教艺术气氛。 该馆三楼右翼展厅的陈列是《云南古生物恐龙化石展》，这个陈列带有一些科普性质，通过展品--化石、复制品、图表等，简单介绍地球起源、生物进化，重点突出中生代的庞然大物--恐龙。